Stern duy trì một quan hệ gắn bó chặt chẽ với Israel. Ông bắt đầu biểu diễn tại quốc gia này vào năm 1949.[1] Năm 1973, ông biểu diễn phục vụ cho những người lính Israel bị thương trong Chiến tranh Yom Kippur. Trong Chiến tranh vùng Vịnh năm 1991 và các cuộc tấn công bằng tên lửa Scud của Iraq vào Israel, ông đã từng biểu diễn trong Nhà hát Jerusalem. Trong phần trình diễn của mình, tiếng còi báo động không kích vang lên khiến khán giả hoảng sợ. Sau đó Stern bước lên sân khấu và bắt đầu chơi một chương tác phẩm của Bach. Sau đó, khán giả đã bình tĩnh lại, đeo mặt nạ phòng độc và ngồi xem suốt phần trình diễn còn lại của ông.[17] Stern là người ủng hộ một số dự án giáo dục ở Israel, trong số đó có Tổ chức Mỹ-Israel và Trung tâm Âm nhạc Jerusalem.[1]